برخلاف شهروندان ایرانی که می توانند به صورت الکترونیک هم اقدام به درخواست ویزای آذربایجان کنند، شهروندان افغانستان باید حتما ویزای خود را از کنسولگری آذربایجان در کابل دریافت کنند.
شهروندان افغانستانی هم که هم اکنون در ایران زندگی می کنند باید برای دریافت ویزا به کنسولگری آذربایجان در کابل مراجعه نمایند. در حال حاضر شهروندان افغان با محدودیت دریافت ویزا مواجه هستند ولی هر آن این احتمال وجود دارد که دولت باکو تسهیلات ویزای آنلاین را برای افغان ها نیز به اجرا درآورد.
ویزایی که کنسولگری آذربایجان در افغانستان برای شهروندان افغان صادر میکند به صورت لیبل بر روی یکی از صفحات پاسپورت افغانستان چسبانده می شود. شهروندان افغانی که ویزای آذربایجان را در گذرنامه خود دارند می توانند از هر کلیه مرزهای زمینی یا هوایی وارد آذربایجان شوند. به طور مثال، شما با داشتن ویزا می توانید از مرز آستارا یا بیله سوار و یا فرودگاه باکو وارد خاک آذربایجان شوید.